初めてのimageJでのGreen Fluorescent proteinの定量化方法
- 初めて画像フリーソフトのimageJを使ってGreen Fluorescent proteinを定量化する方法について詳しく教えてください。
- 強度（intensity）を測定して、画像同士で比較するためのimageJの使い方を教えてください。
- 背景が黒い画像で、imageJを使ってGreen Fluorescent proteinの測定を行いたいのですが、詳しい手順を教えてください。
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imageJの使い方
質問です。初めて画像フリーソフトのimageJを使っています。Green Fluorescent proteinを、定量化してみようということになり、これを使うことになりました。強度（intensity）を測定して、画像同士で比べるということをしたいのですが、さっぱりわかりません。背景は一応黒です。日本語の説明書もサイトで見つけて、読みましたし、あと似たような質問がサイトでありましたのでそれも見ましたが、いまいちわかりません。理論も知らなくてはいけないとは思いますが、とりあえずやり方だけ1から教えていただけると、本当に助かります。こちらから何の情報をここに書けばいいのかもわかりませんので何なりと言って下さい。よろしくお願いします。
- miku418
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> この方法では、緑以外のものも読んでしまうとかはないんですか？ この方法は、全画素の明度を平均します。 背景の画素も０とみなして平均の計算に使います。 緑のみ対象に処理する場合も、ImageJだと一旦グレースケールに変換するような事になるハズ。 例えば、開いた画像を、 Image > Color > Split Channels でr, g, bの３つの画像に分割し、緑に対して処理とか。 白すぎる部分を除外した画像の強度、明度を計算するなら、 Image > Adjust > Threshold で、 Dark backgroundにチェック １本目の下限値と、２本目の上限値を指定するスライダーで処理対象の範囲を指定 すると、処理したい箇所だけが赤くなります。 Analyze > Analyze Particles で、処理対象の赤いブロックの数とか面積、重みなんかが解析されます。 -- > こちらから何の情報をここに書けばいいのかもわかりませんので こちらも、質問者さんが何をどうしたいのかがちょっと分かりません。 ネットにある似た画像、 Green Fluorescent protein - Google 検索 https://www.google.co.jp/search?q=Green+Fluorescent+protein&num=100&source=lnms&tbm=isch&sa=X&ei=0yP_U-cgyNugBMvEguAG&ved=0CAgQ_AUoAQ&biw=882&bih=606 Green Fluorescent Protein - Course NEUR 0193: Great Controversies in Neurobiology - Brown University Wiki https://wiki.brown.edu/confluence/display/BN0193S04/Green+Fluorescent+Protein なんかを提示して、 ・下の方のクラゲの画像で緑の部分の強度、明度の平均を解析したい。 ・画像の下の方に白文字が入ってるが、これを上の平均から除外したい。 ・クラゲの画像ならトリミングしたら簡単だが、実際の画像は対象に文字がかぶさってるので色の処理で対処したい。 とかって具体的な話する方が良いと思います。
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- neKo_deux
- ベストアンサー率44% (5541/12319)
> 強度（intensity）を測定して、 > 背景は一応黒です。 画素の明るさの平均値なら、画像を開いて、 メニューのAnalyze > Measure で表示されます。 Resultsウィンドウには解析した結果が逐次表示されますから、それで定量化して強度を比較したって事になると思いますが。
補足
早速の解答、本当に本当にありがたいです。ただ聞きたいのですが、この方法では、緑以外のものも読んでしまうとかはないんですか？というのは以前の質問に、ＲＧＢ画像なら・・・ってことが書いてあったので。重ね重ねよろしくお願いします
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