手厳しいデータの真実とは？
- プロテインデータバンクは独立的な支援によって維持されており、タンパクのデータが同じかどうかを確かめることができます。
- データベースは時間に伴い変化を求められ、悪性がん細胞などの研究の進展に対応する必要があります。
- データベースの閉鎖は恐ろしいものではなく、他の場所で有用な情報が利用可能であれば問題ありません。
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手厳しいデータ（つづき）
(1)The PDB is actually hosted by several organizations that provide access to the same data trove, each funded independently. プロテインデータバンクは際に7つの機構から組織されており、ここではタンパクのデータが同じかどうかを確かめることができる。そしてこのバンクの維持はそれぞれの独立的な支援によるものである。 と訳しましたがいかがでしょうか。 (2)A database must change with the times, or face extinction. この前の文章がIn the 1970s, protein structures were consumed by a small community of X-ray crystallographers interested in the nitty-gritty of individual enzymes. Now scientists use a range of techniques to determine structures, and researchers of many stripes want to know how proteins behave in a larger context, such as in a malignant cancer cell. です。 データベースは時間に伴い変化を求められ、そして一方では消滅の危機にも直面している。 と訳しましたがいいのでしょうか。 悪性がん細胞はタイムスケールでタンパクの立体構造が違うことからデータに登録してもすぐにかわってしまうよといいたいのでしょうか。 (3)The closure of a database is not so awful — as long as its useful information remains available elsewhere. データベースの閉鎖はそれほどまで恐ろしいものではない。それはどこでもこのデータが利用可能であるのと同じだ。 データの閉塞的な集約は広く利用できることとまったくもって変わらないよという意味合いで考えましたがつまるところどういう意味をいっているのでしょうか。 ちょっと漠然過ぎて内容理解がぱっとできませんでした。誰もが利用できるのはある意味恐ろしいが局所的になりすぎるのもまた問題である。といことなのか 一応この文章の後の締めでは EBIによってデータベース競合が繰り広げられ、これらのデータもその争いの的となった。しかし、PDBの100147の登録されている立体構造と週に200の立体構造が登録され続けていく事実を少なくとも垣間見ればこのデータバンクを押しとどめることは出来ないように思える。 と書いてありました。 なので最後のところで余計わからなくなりました。 プロテインデータバンク自体もその競合の中に入っていて誰かが自分の手中にのみ収めたいと思っている人たちへの批判が込められているのでしょうか？ 長くなりましたがご指導お願い申し上げます。
- ligase
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>(1)The PDB is actually hosted by several organizations that provide access to the same data trove, each funded independently. >プロテインデータバンクは際に7つの機構から組織されており、ここではタンパクのデータが同じかどうかを確かめることができる。そしてこのバンクの維持はそれぞれの独立的な支援によるものである。 「PDB（のデータ）は実際に、同じデータの宝庫（＝タンパク質データベース）にアクセスできるよう、いくつもの独立採算の組織によってホストされている（＝他のサーバ上にデータベースが複製されている）。」 >この前の文章がIn the 1970s, protein structures were consumed by a small community of X-ray crystallographers interested in the nitty-gritty of individual enzymes. Now scientists use a range of techniques to determine structures, and researchers of many stripes want to know how proteins behave in a larger context, such as in a malignant cancer cell. 「1970年代では、タンパク質の構造は個々の酵素の根底に魅せられたX線結晶解析研究者の小さなコミュニティで使われるだけだった。しかし今や、科学者は構造決定のためにはあらゆる技術を駆使するようになり、さまざまなタイプの研究者は、例えば悪性腫瘍細胞の中といった、もっと広いコンテクストでタンパク質がどのように振る舞うかを知りたいと思うようになった。」 >(2)A database must change with the times, or face extinction. >データベースは時間に伴い変化を求められ、そして一方では消滅の危機にも直面している。 「データベースは時代とともに変化しなければ、消滅に直面してしまうのである。」 研究に必要なデータが得られないようなデータベースは誰も使わなくなり、運営資金は得られなくなり、閉鎖せざるを得なくなります。研究ニーズが変わっていけば、それに追随して有用なデータ提供ができるデータベースでなければならない、ということです。 >(3)The closure of a database is not so awful — as long as its useful information remains available elsewhere. >データベースの閉鎖はそれほどまで恐ろしいものではない。それはどこでもこのデータが利用可能であるのと同じだ。 「ある（サーバ上の、ある）データベースが閉鎖されても、その有用な情報が他（のサーバ上の複製データベース）で利用可能なら、それほど憂うべきことではない。」 あるサイトのコピーを、別のサーバ上に作ることをミラーサイトといいますが、そういうものがいくつもあり、互いにデータ更新を共同して行っているとします。ユーザはどれか一つにアクセスしているでしょうけど、それがメンテナンスで利用できかったり、更新が滞ったり、さらには閉鎖されても、他に同じ内容のサイトがあれば、そちらを閲覧すれば何の不便もありません。 PDBもそのような状況で、タンパク質の同じデータベースがいろいろな機関のサーバ上で閲覧できるため、どこか一つが閉鎖したり、更新が行われなくなっても、ユーザ（＝科学者、研究者）は特に困らないということでしょう。
その他の回答 (2)
#1です。検索してNatureの原文全部に目を通して来ました。最初にシャーロック・ホームズからの引用がありますね。capital mistakeですが、「重要な過ち」とだけ訳されると思いますが、「大文字・小文字の間違い」と解することもできます。 前後二つに分けたご質問でNatureから引用された文章には、そういうものがうまく使われているようです。先のご質問にあったtoo far behindも、直前のBehind every great discoveryに直接対応させると、データと発見の情報的な距離のように思えますが、その続きには時間がせっぱ詰っていることが書いてあり、時間的なものでもあると読めますね（その解釈のご指摘も他の方からありました）。 そう考えて読み直すと、 >There are many ways for a database to stay in the black. なども単なる黒字だけでなく、闇の中→データーベース閉鎖ということに引っ掛けたのかも、と考えたくなったりします（コンピュータ屋さんは、割とそういう冗談を好む気がする）。あるいは、 >the PDB, at least, shows no sign of folding. とfoldingという語を選んだのはタンパク質に引っ掛けたのか、などとも（……いやさすがに考えすぎか^^;）。
お礼
今回はアップロードやらサーバーの管理やらがタンパク構造の解明が進むにつれて相乗的に作業も増えていくし偉業というべき技術を要することがたんたんと書かれているのでおっしゃるとおりでデータベース閉鎖を隠喩しているという解釈を拝見してなるほどーとおもいました。
- bakansky
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> (1) The PDB is actually hosted by several organizations that provide access to the same data trove, each funded independently. > プロテインデータバンクは際に7つの機構から組織されており、ここではタンパクのデータが同じかどうかを確かめることができる。そしてこのバンクの維持はそれぞれの独立的な支援によるものである。 * that provide access to the same data trove という文が 「ここではタンパクのデータが同じかどうかを確かめることができる」 という訳になるというのは、理解できません。 * 私は each funded independently = each organization is funded independently ではないかと読みました。 * 私の試訳 → 「PDB は実際には７つの組織によって運営されており、どの組織からも共通のデータベースにアクセス出来るが、それぞれの組織は独立した組織である」 > (2) A database must change with the times, or face extinction. > データベースは時間に伴い変化を求められ、そして一方では消滅の危機にも直面している。 * must change は 「変化しなければならない」 であって 「変化を求められ」 ているのではありません。 * ここでの or は 「さもないと」 という意味で用いられています。 * 私の試訳 → 「データベースというものは常にその内容が変化するもので、そうでなければ価値がなくなってしまう」 > (3) The closure of a database is not so awful — as long as its useful information remains available elsewhere. > データベースの閉鎖はそれほどまで恐ろしいものではない。それはどこでもこのデータが利用可能であるのと同じだ。 * as long as という表現を正しく解釈しておられるようには見えません。「・・・ と同じだ」 というのとは違うはずです。 * 私の試訳 → 「あるデータベースが閉鎖されたからといって、それは大したことではない -- そのデータベースに保存されていた有益な情報が別のところで利用され得るのなら」 * これは余分なことなのですが、「手厳しいデータ」 というタイトルは、ダジャレでそうなさったのでなければ、違和感があります。私の想像するところでは、多分 Hard disc に保存されたデータ という意味合いを込めているのではあるまいかと思います。私なら素直に 「ハード・データ」 とするかも。
お礼
いつもありがとうございます。おっしゃる通りですごいシビアに話題が提起されていた文章でした。タイトルも素直なのが一番だと改めて思いました。orの使い回しだとかがいつもおざなりになったり違った意味合いになる場合が多いのでご指導ありがとうございました。
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文章を読み終わって ハードデータと 厳しいデータが掛詞になっているのかと思いました。 プロテインデータバンクのあり方が書いてありました。 (1)Behind every great discovery is a pile of data; but, crucially, it should not be too far behind. 偉大なる発見の裏には必ずデータの蓄積が伴うが、重要なことは裏付けがはるか遠くにあってはならないのだ。 と訳しましたが言っていることがわかるようでわからないです。 用意周到なのもいいけど何事もtoo muchはいけないよってことでしょうか。 (2)So there was considerable worry at the database when Nature accepted a molecular map of HIV’s capsid protein shell last year (G. Zhao et al. Nature 497, 643–646; 2013). The multimillion-atom complex was larger than anything then in the PDB, and the database’s team had to devise a way to make the data dump available (and useful) at short notice. 40年以上もの間、プロテインデータバンクはその道の構造科学者たちによって密接にデータが関連付けられ保持されてきた。世界中の大半の生物学出版機関誌（もちろんわがNatureも含む）が出版の前にPDBへの構造データの蓄積をされることを望む。 の後にこの文章が続きます。 そのため、ネイチャーが昨年HIVのカプシド骨格の分子マッピングを承認したとき、このデータベースに載せる県で考慮すべき懸念が生まれた。このカプシドタンパクの殻は数百万の分子複合体がPDBに登録されているもの以上に莫大なものであったため、データベースのチームはぎりぎりでデータダンプを行える方法を考案しなければならなかった。 と訳しましたがここでanything thenの適切な訳がわからなかったこととdata dumpとはどういうことなのでしょうか。どうしてそのデータダンプを行う方法をカプシドには適応しなければならないのか登録上の問題が無知でわかりません。 考えたのはHIVのカプシドタンパクも当然レトロウイルス由来の逆転写翻訳によるものだからタンパクの翻訳も変性しまくるしそもそも巨大だから。と考えたのですがまず、ぎりぎりでデータダンプができるとは… その意味が恥ずかしながら理解できませんでした。
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- 訳してください！↓続きです
These different approaches to knowledge are reflected in different relationships to the scholarly process. A scholar can play the role of a transcendent observer, applying rigorous reason and research to a chosen study and remaining unimplicated in the results of what is learnt. This relationship involves a strict separation of the observer from the observed and a trust of the 'other', be it the composer or the work, and a sense that the facts provided are what is needed. Or a scholar can be self-critical, acknowledging the power of language and the interdependence of language and meaning in musicological work. This may lead the scholar to ask not only theoretical questions but also political and ethical ones which may in turn shed light on some aspect of the larger would as reflected in music. Alternatively, a scholar can focus on personal insight, considering one's personal experience of music as a source of knowledge. Taking personal relevance or one's own perspective as the point of departure makes it clear that the scholar plays an important role in producing musical meaning. At the same time, such a perspective may have limitations as to the general relevance of the insights produced.
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- 和訳お願い致します.
Mental Evolution in Animals(1883). In the family of the sciences Comparative Psychology may claim nearest kinship with Comparative Anatomy; for just as the latter aims at a scientific comparison of the bodily structures of organisms, so the former aims at a similar com parison of their mental structures. Moreover, in the one science as in the other, the first object is to analyze all the complex structures with which each has respectively to deal. When this analysis, or dissection, has been completed for as great a number of cases as circumstances permit, the next object is to compare with one another all the structures which have been thus analyzed; and, lastly, the results of such comparison supply, in each case alike, the basis for the final object of these sciences, which is that of classifying, with reference to these results, all the structures which have been thus examined.
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