PromegaのWizard Plus Minipreps DNA Purification Systemで大腸菌XL1-Blueからプラスミドを精製しているのですが、電気泳動で確認すると目的DNA以外に23,000bpや9,000bpあたりに何か分からないバンドが見えます。
これは、大腸菌由来のDNAでしょうか。
もしそうなら、取り除けないのでしょうか。
投稿日時 - 2010-08-30 10:46:00
miico-h さん こんにちは
通常のプロトコルの中の、アルカリSDS法で大腸菌由来の核DNAを取り除く作業をしているのにも関わらず、確かに、それらの付近にバンドが出るときがありますねぇ。。
おそらく、（A) 大腸菌本来が持っているプラスミドDNAや (B) アルカリSDS試薬が古くて？アルカリSDS法で変性しきれなかった核DNAでしょうね。もしも、(A) であるならば、大腸菌の生態として興味がある点です。
(B)である場合は、（ア）アルカリSDS法を行うにあたって、培地中の大腸菌を沈殿させたとき、うわずみ液を丁寧に取り、（イ）新しく作成したアルカリSDS試薬を使用し、さらに、それでも目的外のバンドが現れたときは、（ウ）精製後、再びアルカリSDS法を行えば、目的外のバンドが消えるかと考えております。
これで、もしもうまく行かないならば、(A)であると推察され、これらを取り除くには、QIAquick Gel Extraction Kit などを用いて、アガロースゲル上の目的のバンドを切り出し，目的DNAを抽出・精製する法が、確実でしょう。この方法は、(A) と(B）のいずれの場合でも対応出来ますが、収量が減るので避けたいものです。
それでは 検討を祈ります！
投稿日時 - 2010-09-11 14:20:20
お礼
丁寧な回答感謝致します。
SDS試薬は疑っていなかったので、早速作り変えてみます。
ありがとうございました!!
投稿日時 - 2010-09-13 18:22:25
0人が「このQ&Aが役に立った」と投票しています
