タンパク質X線結晶構造解析データの分析・評価方法についての初心者の質問
- タンパク質のX線結晶構造解析データの分析・評価方法について勉強している初心者です。
- 「observations-to-parameters ratio」の値を見つける方法がわかりません。
- 結晶のdiffraction limitの求め方についても教えていただきたいです。
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タンパク質のX線結晶構造解析データについて
タンパク質のX線結晶構造解析データの分析・評価方法について勉強している初心者です。 とある文献のデータを分析しようとしているのですが、本文・supporting information中に「observations-to-parameters ratio」を見つけることができませんでした。RCSB Protein Data Bankに登録されているファイルも探してみましたが、それらしき値は見当たりませんでした。おそらく元のデータから計算できるのだと思うのですが、その方法がわかりません。色々と検索もしてみましたが、見つけることができませんでした。どなたかご存知の方がいらっしゃいましたら教えていただけないでしょうか？ また結晶のdiffraction limitの求め方についても教えていただけると幸いです。 よろしくお願い致します。
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全くの門外漢ですが、 "Accelerated X-ray Structure Elucidation of a 36 kDa Muramidase/Transglycosylase Using wARP" (Acta Cryst. 1998. D54, 58-73) という論文の中に "The observations-to-parameters ratio is here defined as the number of reflections in the work set divided by the number of protein atom parameters (x, y, z and B times 2456 atoms)." という記述があります。reflection の数を原子のパラメータの数で割った値のようです。言葉の意味から言ってもそうなりますし。 > 結晶のdiffraction limitの求め方 一般に diffraction limit と言えば光学系の解像度の理論的限界を意味する数値で、定数 ×（光の波長）÷（レンズの開口数）（定数は装置によって異なる）だと思いますが、結晶については分かりません。
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