BAC DNAの電気泳動

質問

BAC DNAを精製し、EcoRI処理した後電気泳動でバンドを確認しました。
このDNAに、大腸菌ゲノムが含まれているかどうかを見たかったのですが、
BACはEcoでたくさん切れてしまうためよくわかりませんでした。
大腸菌がコンタミしているとスメアになるといいますが、BACの場合は
どのように見たらよいのでしょうか。
たくさんあるバンドのバックが白っぽくなるのはゲノムのコンタミなのでしょうか。
うっすら白かったり、上のほうにバンドが固まってしまったり（長めに泳動はしているのですが）するのはゲノムなのでしょうか。

また、ゲノムのコンタミを調べるのに、何か良い方法があればご教授を
よろしくお願いします。

回答No.1

MIYD

BACは既知の配列なのでしょうか？
BACの切断断片は理論上はラダーになりますが、バンド数やゲルの分解能次第ではスメアに見えます。

なぜEcoRIで切ってゲノムとBACを見分けることが出来ると考えているのか分かりませんが、
EcoRIで切断されたバンドを見ようとして、"たくさん切れてしまう"のであれば、rare cutterで切らないとBACからバンドを得ることが難しいということは分かりますよね？

どのような条件で電気泳動をしているのかすら書いていないのに、
"上のほうにバンドが固まってしまったり"などと書いてもそれが何なのかは読んだ人は分かりません。
大腸菌ゲノムを単離して、同じ条件で処理してコントロールとして流していたのならば、
少なくともゲノムと同じ位置にくる物なのかどうかは分かったはずです。

ゲノムとBACを分けるのは、フィールドインバージョンやパルスフィールドで出来ます。

補足

情報不足で申し訳ありませんでした。
BACは未知の配列で、通常1.2％ゲルを使用し、50Vで２時間程度
流しています。
Ecoで切断したのは、「Ecoでたくさんバンドが見えればＤＮＡがとれている」
というような曖昧な教えしかされておらず、自分でもどの酵素を使ったら
良いのかわからなかったからです・・・。
大腸菌ゲノムを単離するにはどうしたらよいのでしょうか。
また、パルスフィールドで分けるには、何で切ったら良いのでしょうか。
その場合、ゲノムはどのように分けられるのでしょうか。
無知で本当にすみません。