- ベストアンサー
ゲル電の際、制限酵素でDNAを切る意味
- みんなの回答 (4)
- 専門家の回答
質問者が選んだベストアンサー
大腸菌から精製したDNAというのはプラスミドDNAのことですよね?単にDNAというとゲノムも含まれます。 プラスミドは環状のDNAですが、丁寧に抽出してやるとほとんどのプラスミドはスーパーコイルと呼ばれる形状で取れてきます。これは、ちょうどツイストドーナツのように環がねじれて、細く短い棒状になっています。したがって、立体的にゲルの網目構造中を移動しやすくなります。抽出後すぐに泳動して、一番濃く、一番移動度の大きいバンドがこれにあたります。 マーカーと比較して正しい長さに観察されるバンドは、環状が完全に切れて、直鎖状になったプラスミドです。ある程度の長さになるとDNAは物理的な衝撃でも切れやすくなるので、抽出の操作等によって直鎖状になることがあります。 マーカーと比較して、正しい長さよりも長鎖の位置に見られるバンドは、リラックスド・サーキュラーとよばれる、固定したねじれなどのない、ふつうにイメージされるような環状のプラスミドです。これは、輪になっている分、立体的にかさだかいので、ゲル中を移動しにくくなり、電気泳動すると高分子側で観察されることになります。リラックスド・サーキュラーは、スーパーコイルのプラスミドDNAの2本鎖のうちの1本だけに切れ目(nick)が入るとできます。 ちなみに、正確に言うと、 「直鎖状のものが正しい長さの位置に見える」 のは、分子量マーカーのDNAに直鎖状のものを用いているからです。それぞれの形状に対応したマーカーを用いれば、それぞれ長さが正しく見えるはずです。私はリラックスドのは見たことありませんが、スーパーコイルのマーカーは市販されています。
その他の回答 (3)
- lamb1204
- ベストアンサー率56% (18/32)
#3です。 >一つ確認したいのですが、pDNAと制限酵素がうまく反応すると、全て直線状のプラスミドになり、 はい。全てのプラスミドが完全に切断できていれば直鎖状になります。 (ただし、諸々の条件次第では、突出末端がアニールして、見かけ上環状に振舞う場合も存在します。) >反応しきれないときにリラックスド・サーキュラーが生じるという理解でよろしいでしょうか。 制限酵素の反応に限って考えると、反応しきれない時は、単にスーパーコイルの未切断のものがのこることが多いように感じます。ただし、「スーパーコイルが苦手な制限酵素」を用いた場合にはリラックスド・サーキュラーが多くなるような気もします。
お礼
ありがとうございます。 問題がすっきり解決してすごく嬉しいです。
- atyushi
- ベストアンサー率50% (5/10)
経験的に、プラスミド全長の2/3のところにスーパーコイルの バンドが現れるみたいです。 いくつかというのがなぞですが スーパーコイルの形にもいくつかパターンがあるみたいです。 また、プラスミド全長の2/3の2倍の大きさ プラスミドダイマーのバンドもたまに見受けられます これらはすべて同じプラスミドなので、 制限酵素で切断すると 同じ大きさのところに 直鎖DNAバンドとして現れるのではないでしょうか?
お礼
早速のご回答ありがとうございました。
- MIYD
- ベストアンサー率44% (405/905)
生成は精製の変換ミスで、 大腸菌からプラスミドを精製したさいの操作についてのいいんですよね? 通常プラスミドは環状の形で大腸菌内に存在しています 環状の場合、直鎖状に比べて早く泳動されるため、 見掛けの長さが短く見えます そのプラスミドの1箇所を切る制限酵素で切断すると、 特殊な高次構造をとらない場合は、 プラスミドの本来の長さの移動度になります
お礼
「生成」は変換ミスでした。すみません。 早速のご回答ありがとうございました。
関連するQ&A
- λDNAの制限酵素による切断
λDNA(4.8kbp)をSalI、EcoRIで切断したのですが、バンドが一本しか検出されませんでした。移動度からこのバンドは約5200bpとでたのですが、5200bpのDNA断片が約9本できた、と考えてよいのでしょうか?また制限酵素の認識部位の位置関係を知りたいのですが・・。 回答よろしくおねがいします。
- ベストアンサー
- 生物学
- 「制限酵素によるDNAの完全な切断」の定義をおしえて下さい。
1) 制限酵素認識領域を含むDNAをPCRで増幅 ↓ 2) DNAを精製 ↓ 3) 制限酵素処理 ↓ 4) DNAを精製 ↓ 5) 4)をテンプレートとして1)と同じプライマーセットでPCR ↓ 6) 1),3),5)のサンプルを電気泳動でチェック というような行程で実験を行ったのですが、5)で1)と同様のバンドが検出されました。 これは、3)でDNAが完全に切断されていないということだと思うのですが、制限酵素の取説通りの「制限酵素によるDNAの完全な切断」を行うための操作しっかりと行ったはずです。 どなたか「制限酵素によるDNAの完全な切断」の定義をおしえて下さい。 よろしくお願いします。
- ベストアンサー
- 生物学
- 制限酵素によるプラスミドの切断
生物学の実験で、制限酵素によるプラスミドの切断の実験を行いました。制限酵素で二重鎖DNAを切断し、生じたDNA断片をアガロースゲル電気泳動により分離するという方法です。 コントロール・・・・(プラスミド 蒸留水 High Salt Buffer Medium Salt Buffer) サンプル・・・(コントロールにEcoRI HindIIIの制限酵素を加えたもの)の2つをそれぞれをゲルに流し込み。電気泳動を行いました。 電気泳動後、ゲルの写真を見たのですが C | | S ||| - →泳動方向→ + というような結果が出ました。 サンプルとコントロールのバンドの距離が同じ長さなので、切断されていないと先生が言いました。ここから質問なのですが、 切断されていないということは、サンプルのレーンのバンドの数は0本ということですか? また、なぜ切断されなかったのか教えてください(制限酵素によってDNAが切断されたのなら、そのDNAにはその制限酵素の認識配列が含まれいたということですよね。私たちの班のDNAには認識配列が含まれていなかったことになるのでしょうか?)
- 締切済み
- 生物学
- 制限酵素 BamHIについて
最近生化学の実験で制限酵素BamHIを用いて、その性質や働きを電気泳動で調べました。 制限酵素により切られたバンドを確認してみると、一つは1353bp付近に、もう一つは310bp付近に見ることができました。一応実験的には成功なんだと思いますが、後日生化学辞典で調べてみるとBamHIのような6塩基配列を認識するクラスII酵素は、DNAを平均約4000塩基対毎に切断すると書いてありました。 これは実験結果とはだいぶかけ離れているのですが、BamHIが例外的にこのような性質を示すのでしょうか? 宜しくお願いしますm(__)m
- 締切済み
- 化学
- 制限酵素の謎
(1)ある実験において、2種類の制限酵素を用いてあるDNAを切断しました(AとBとします)。16時間とかなり長く反応時間を与えたため、DNAバンドはゲルの下方に確認され、『これはスター活性が起きた』と判断しました。 (2)後日。 スター活性を恐れた自分は反応時間を10時間以内に抑え、同条件でもう一度制限酵素処理を試みました。結果、前回よりもゲル上方にバンドが確認でき、完全ではないが『スター活性はある程度改善された』と判断しました。 (3)そして昨日。 制限酵素A抜きに、BだけでDNAを切断する反応を時間別に行ないました(1h,3h,6h,9h,16h)。これは『制限酵素Bがスター活性を起し始める』と考えられる反応時間を明らかにするため行ないました。結果、長時間反応させたにも関わらず、どの反応時間でも問題なく切断が行なわれていました。 以上の実験より、自分はこの様に考えています。 ・(1)(2)において。2種類の制限酵素を用いたため、グリセロール濃度が上昇した。よってスター活性が起こり易く、反応時間別の影響が大きい。 素人考えですが、自分なりの解釈です。その他に考えられる理由や経験をお持ちの方、ぜひお聞かせください。m(__)M
- ベストアンサー
- 生物学
- 制限酵素切断地図について
3種類の制限酵素で切断したある未知DNAを電気泳動させた後、DNAバンド写真からそのDNAの制限酵素切断地図をどのようにして作ればよいのかわかりません。地図(線)上にどのように切断部位を並べていけばいいのか教えてください。
- ベストアンサー
- 生物学
- 制限酵素
6.5kbpの環状DNAを、遺伝子Wの両端e1とe2を切断する制限酵素E単独で、あるいは制限酵素BまたはHと組み合わせて切断する実験を行った。 6.5kbpの環状DNAにおける制限酵素BとHの切断箇所は不明である。 制限酵素Eで切断すると1.5kbpと5.0kbpの断片が生じた(実験1)。 制限酵素EとBで切断すると1.5kbp、2.0kbp、および3.0kbpの断片が生じた(実験2)。 制限酵素EとHで切断すると0.5kbp、1.0kbp、および5.0kbpの断片が生じた(実験3)。 6.5kbpの環状DNAを制限酵素BとHの2つの酵素で切断すると何kbpのDNA断片が得られると予想されるか。 答:3.0kbpと3.5kbp、あるいは、2.5kbpと4.0kbp。 初めて見るのでどのように解くのか、わからない状態です。
- ベストアンサー
- 生物学
- 制限酵素処理でのバンドサイズ
原生生物の一種の遺伝子断片をPCRで増幅、クローニングしプラスミド回収、制限酵素処理をしました。 そこで制限酵素処理の際に得られるであろうバンドサイズについて質問があります。 p-GEM TEasy-Vector(3015bp)とインサートDNA(約1200bp)を含むプラスミドを制限酵素PVUIIによって切断すると二本バンドが得られました。 そのサイズは、約2400bpと約1800bpだったのですが、この結果でプラスミド回収は成功しているといえるのでしょうか? 単純にもとのベクターとインサートのbpを足すと約4215bpで、実際のサイズも約4200bpだったので成功したと考えているのですが…。 恐らく無知な質問をしているものと思いますがよろしくお願い致します。
- 締切済み
- 生物学
- 今度は・・制限酵素の失活についてなんですが。。。
毎回毎回すみません・・また実験がうまくいきませんでした・・・ プラスミドDNAをEcoRI,BamHIの二種類の制限酵素を使用し、どのように切断されるかをアガロース電気泳動を行って、バンドの移動度を比べてみました。 1つは、EcoRIだけで切断し、もう1つは二種類の酵素で切断しました。 でも電気泳動ででたバンドはネガコンとして流した未処理プラスミドDNAと同じバンドでした。通常移動度が遅くなったり、バンドが2本でるはずなのですが・・まったくありませんでした・・・ 制限酵素が失活して、切断できなかったのではないかと考察したのですが・・・酵素は熱を加えると失活してしまうため温めないように注意したのですが・・ 制限酵素が失活してしまう要因をどうか教えてください。実験で注意すべき点など教えていただければ今後の実験に役立ちます。ぜひ実験をして経験された事でもよいので教えてください。いつもいつも実験の失敗についてばかり質問してしまってすみません・・・ よろしくお願いします。
- ベストアンサー
- 生物学
補足
すごく丁寧に説明してくださりありがとうございます。 一つ確認したいのですが、pDNAと制限酵素がうまく反応すると、全て直線状のプラスミドになり、反応しきれないときにリラックスド・サーキュラーが生じるという理解でよろしいでしょうか。