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3個のプロトンで1個のATPが作られる。と思います。 ATP合成酵素が10個のプロトンの移動 と、 F1のg鎖が一回転すると3分子のATPがつくられることになる は別々のことと考えていいと思います。 実際、マトリックス内にリン酸を輸送する際にプロトンが必要だし他にも別のところでプロトンが使われますよ。
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