出芽酵母ゲノムプロジェクトの疑問点

質問

様々な生物のゲノムデータベースを検索していて疑問が多々でてきました。
例えば、出芽酵母のカンジダについてですが、この生物は1倍体の時に染色体数が4本と本に出ていました。ゲノムプロジェクトが終わってるみたいですが、クロモゾームR,1,2,3,4,5,6,7となっていました。これは、2倍体細胞の状態での塩基配列を解析したということですか？2n=8、4セットの染色体ってことでいいんでしょうか？　そうすると、二つづつ染色体が相同でないとおかしいと思うんですが、各クロモゾームの説明を見ると違うようです。高校で生物未修なので今必死に独学していますが、イメージが湧かずに困っています、特に、遺伝学の分野。きっと解釈を間違ていると思うので、どなたか訂正して頂けないでしょうか？

回答No.2

noname#24872 · ベストアンサー

No.1です。先に誤った回答をしてしまい、申し訳ありません。

まず訂正させていただきますが、Saccharomyces cerevisiae の染色体数はn=16 です。

御質問のカンジダは多分、Candida albicans です。Candida albicans の染色体数はn=8 で、二倍体細胞の状態では16本の染色体を持っています。このうちrRNA をコードしているクロモゾームRは可変性が大きいため必ずしも相同ではありませんが、クロモゾーム１～７についてはほぼ相同といって良いかと思います。

>分裂酵母といえば、Saccharomyces cerevisiaeを指すと考えてよいってことですよね。

普通出芽酵母といえばSaccharomyces cerevisiaeを指します。分裂酵母としてよく研究に使われるのはSaccharomyces pombe です。

参考URL：

http://albicansmap.ahc.umn.edu/

お礼

a6m2nさん、丁寧でわかりやすいご説明本当にありがとうございます。
もしまだご覧になっておられたらお教え下さい。

論文の中でnumbers of chromosomeと書いてあったら、それはｎ＝その数であると考えてよいのでしょうか？Candida albicans に関する論文を読んでみたら、この菌はdiploidで、numbers of chromosome is 8と書かれていたので、私は2n=8なのだと誤解しました。chromosomeという単語自体が相同染色体一対を意味するのでしょうか？

Candida albicans にはホモ接合体は見つかっていないそうですが、このような菌に対しては各相同染色体の2本とも、つまり16本の染色体すべての塩基配列を調べる必要ってないんでしょうか？ホモ接合で、一方の配列だけ分かっても、片方はどうなっているのでしょう？

回答No.3

noname#24872

No.1です。

>chromosomeという単語自体が相同染色体一対を意味するのでしょうか？

そのようなことは無いと思います。

>numbers of chromosomeと書いてあったら、それはｎ＝その数であると考えてよいのでしょうか？

Ploidityが併記されていない場合、"the number of chromosomes"という表現は二種類の意味にとれます。

一つは"the usual number"で、通常の状態で細胞が有する染色体数です。ヒトなど高等動物では二倍体の染色体数を意味します。

もう一つは、"the basic number"で、いわゆる半数体の染色体数です。様々な倍数体の個体が存在する下等生物では、こちらの意味で使われることが多いです。

>16本の染色体すべての塩基配列を調べる必要ってないんでしょうか？

Candida albicans は半数体や三倍体で増殖する株もありますが、多くの株は二倍体です。基本的な代謝メカニズムを調べるだけなら、半数体の菌株を遺伝子解析の対象としてもかまわないと思いますが、「標準的」な菌株を選ぶなら二倍体細胞が解析対象となるでしょうから、必然的に16本の染色体を調べることになるのではないでしょうか。

お礼

a6m2nさん、引き続き回答頂き本当にありがとうございます。一連の回答で、頭の中のモヤがすっきりし始めた気がしています。

回答No.1

noname#24872

御質問の内容がよく分からないのですが・・・

「酵母」というのは、通常の生育状態が主として単細胞で、菌糸を作らずに出芽または分裂により増殖する真菌類を指します。

酵母にも子嚢菌酵母、担子菌酵母、不完全酵母など様々な種類があります。カンジダも出芽によって増える酵母ではありますが、不完全酵母に分類される菌です。

一方、出芽酵母ゲノムプロジェクトの対象となっているSaccharomyces cerevisiae（酒を造るのに使われる酵母です）は子嚢菌酵母で、カンジダとは全く別の菌です。

Saccharomyces cerevisiaeの染色体数は２ｎ＝１６ですから、R,1,2,3,4,5,6,7の８本のクロモゾームで何の問題もありません。

補足

まず、生物科の知人にカンジダは出芽酵母の一種であると教わりましたが、これは正しいですよね？私の頭の中で分類がうまく出来ていないのですが、a6m2nさんが教えて下さっているように、分類のプライオリティーとしては不完全酵母に分類するのが好ましいということでしょうか？分裂酵母といえば、Saccharomyces cerevisiaeを指すと考えてよいってことですよね。

Saccharomyces cerevisiaeの染色体数は２ｎ＝１６なんですか？
遺伝子工学ブック2003年版（羊土社）には、出芽酵母の染色体数17、分裂酵母の染色体数４（いずれも一倍体の染色体数）となっているんです。ミスプリントでしょうか。

今回質問させてただきたいデータベースは、Saccharomyces cerevisiaeのものではなく、カンジダについてのものだったんです。カンジダの染色体数は８らしいので、R,1,2,3,4,5,6,7の　８本について塩基配列が決められたっということで理解出来ました。

これとは離れますが、
a6m2nさんがして下さった説明で、「Saccharomyces cerevisiaeの染色体数は２ｎ＝１６ですから、の８本のクロモゾームで何の問題もありません」、この前提2n=16だと、8対の相同染色体＝16本の染色体ではないのでしょうか？Saccharomyces cerevisiaeがホモ接合とかで、相同染色体の片方だけ塩基配列が決まれば、もう一方も必然的に同じってことでしょうか？