• 締切済み

FASTAやBLASTでのパラメータ設定:短い配列の時。

FASTAやBLASTに、タンパクのN末を読んで得たせいぜい数十アミノ酸くらいの配列をsubmitする時は、(もっと長い配列をsubmitする時に比べて)パラメータ設定を色々工夫すべきなのでしょうか。 一つのORFくらいの長さ(数百から数千塩基か)なら、いつもデフォルトのままでsubmitしていますが特に問題は感じません。しかし、こういう短い配列の時はうまく設定しないと何も引っ掛からないのではと思っています。 御存じの方、宜しくお願い致します。

  • 868
  • お礼率50% (92/181)

みんなの回答

  • rei00
  • ベストアンサー率50% (1133/2260)
回答No.1

 御存じの方ではありませんが,実際にやってみられてはいかがですか。その上で問題があれば,パラメ-タ設定について具体的に質問されるのが良いと思います。  なお,不要だとは思いますが,ネット上で相同性検索の出来るサイトを挙げておきます。

参考URL:
http://www.ddbj.nig.ac.jp/E-mail/homology-j.html

関連するQ&A

  • アミノ酸配列から塩基配列へ

    タンパク質のアミノ酸配列の全長はBLASTを使いわかったのですが、塩基配列への変え方がわかりません。また、この結果からcDNAの全長を求められますか? 理解力がないのでどなたかわかり易く説明して下さればありがたいです。

  • 短い配列のホモロジー検索

    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi 上記のBLASTサイトでタンパク質のアミノ酸配列のホモロジー検索をしています。 たとえば、15アミノ酸くらいの短い配列をいれて、相同配列を探したいのですが、 長い配列(たとえばひとつのタンパク全長)をいれると相同性のある配列がたくさん検索されて来ますが、 15アミノ酸くらいの短い配列をいれても100%マッチするものしか出て来ません。 短い配列に対して相同性のある配列を出すには、どこの設定をどう動かせばいいのでしょうか?

  • 蛋白質のアミノ酸のFASTAのFormatのWebページを教えてください

    分子生物学の初心者です。Web上のフリーのソフト、たとえば相同性検索などのソフトを使うときに、既知の蛋白質のアミノ酸配列をFASTAのFormatで投入してくださいというような指示があった場合に、どこのWebのページから、既にアミノ酸の配列のわかっている蛋白質(FASTAのFormat)について調べたらよいか、教えていただけますでしょうか?。 また、アミノ酸配列を自分でFASTAのFormatに変換することは可能でしょうか?。どうぞよろしくお願いいたします。

  • 塩基配列の問題です!!

    試験で出された問題なのですが、解けずに困っています。  あるタンパク質において「Gln.Lys.Tyr.Cys」というアミノ酸配列をコードしている構造遺伝子の一部の塩基配列は下に示した通りである。  5'-GGCAGAAGTATTGCA-3' 3'-CCGTCTTCATAACGT-5' ←Oに見えますがCです (1)この遺伝子のmRNAにおいて、上に示したアミノ酸配列に対応する部分の塩基配列を記せ。 (2)この遺伝子には塩基置換によるミスセンス変異が存在し、突然変異体では上に示したアミノ酸配列の部分が「Gln.Lys.Tyr.Trp」となっている。この変異アミノ酸配列に対応する部分のセンス鎖の塩基配列、およびアンチセンス鎖の塩基配列を記せ。 この2題を教えてください。.・( 」□」・.。

  • 塩基配列の比較を出来る無料ウェブツール、ないでしょうか?

    約2000bpのDNA配列に対して、20bpほどの配列が含まれているかを調べたいと思っています。 NCBIのBLAST 2 SEQUENCESを試してみましたが、パラメータの設定が良くないのか、両者の塩基数が極端に違うためか、うまくアライメントされません。 ギャップを入れてアライメントしてくれる無料のウェブツールやウェブページがあれば、お教え下さい。

  • タンパク質からDNA塩基配列を決める方法

    例えば、HIVのエンベロープタンパク質のアミノ酸配列を指定する塩基配列がHIVRNAのどこにあるのか、またその配列は何か、というような問題はどう答えればいいのでしょうか? RNA→cDNA→mRNA→タンパク質 という流れで、RNAから、タンパク質を明らかにできるのはわかるのですが、逆にタンパク質からその遺伝子のRNA/DNA配列を同定にはどうするのでしょうか? 決定法の名前だけでも助かります。気になったので、、

  • 遺伝子工学技術によるタンパク質の合成について

    1.大腸菌を用いてタンパク質を合成するときに、DNAをプラスミドに組み入れる理由は何ですか? 2.塩基配列からタンパク質のアミノ酸配列は決定されるが、アミノ酸配列は塩基配列が決まらない理由は何ですか? 分かる人がいたら大至急回答お願いします。

  • DNAのコードについて教えてください

    たんぱく質のアミノ酸残基TyrはmRNAの塩基配列の5’UAC3’でコードされている。 (1)このコドンの鋳型となるDNAの塩基配列 (2)このコドンに結合するtRNA(Tyr)のアンチコドンの塩基配列 たんぱく質のアミノ酸残基HisはmRNAの塩基配列5’CAU3’でコードされている。 (1)このコドンの鋳型となるDNAの塩基配列 (2)このコドンに結合するtRNA(His)のアンチコドンの塩基配列

  • なぜ蛋白質を表していると思ったのか

    塩基配列が、アミノ酸ををどのように並べて1つの蛋白質を作るかの情報であるという事はどのようにして分かったのか教えてください。

  • たんぱく質の立体構造について

    DNAの塩基配列によりアミノ酸をつないでたんぱく質を合成することについて、DNAの情報にはアミノ酸の1次構造のみなのか、それとも3次、4次構造まで含まれているのでしょうか?どのようにして、たんぱく質は3次構造をとっているのでしょうか?