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ちょっと質問の意図（なぜFTPではなくCGIを使うのか）が判らないので的はずでかもしれませんが。 参考URLはリンク集ですがの中からいくつか試してみてはどうでしょうか。 アップ/ダウンロードの他に編集、パーミッションの設定など多機能なものもあるようです。
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