- ベストアンサー
制限酵素の消化
taketaketakeoの回答
- taketaketakeo
- ベストアンサー率33% (19/57)
いろいろと原因が考えられますが、 反応時間やユニット数は本来ならばほとんど関係ないとおもいます。酵素の活性が落ちているのでは？もしそうならば反応時間やユニット数を増やすのも手です。ただしあまり酵素の含有率を多くするのもよくないそうですので全反応液の10分の１までにしておきましょう。 他に考えられるものとしてＰＣＲがうまくいっていないことが考えられるのでは？ＰＣＲ後バンド確認しましたか？プライマーが間違いなくともうまく増幅されないこともたまにあります。Taqの種類によってはエラーが多くなってしましますし。 最後に。多分これが一番確率が高いと思うんですが、小さいＤＮＡ断片はなぜだか知らないのですがよくバンドが見えないものです。電気泳動するＤＮＡの量をもと増やしてみてはどうですか？ とまあもっとも？らしくアドバイスしているんですが実は私は研究かけだしの4回生。実験って思ったよりうまくいかなくて先に進まないものですね。うまくいくはずのことがうまくいかないときのやるせなさ・・・お互い頑張りましょう。
関連するQ&A
- 「制限酵素によるDNAの完全な切断」の定義をおしえて下さい。
1) 制限酵素認識領域を含むDNAをPCRで増幅 ↓ 2) DNAを精製 ↓ 3) 制限酵素処理 ↓ 4) DNAを精製 ↓ 5) 4)をテンプレートとして1)と同じプライマーセットでPCR ↓ 6) 1),3),5)のサンプルを電気泳動でチェック というような行程で実験を行ったのですが、5)で1)と同様のバンドが検出されました。 これは、3)でDNAが完全に切断されていないということだと思うのですが、制限酵素の取説通りの「制限酵素によるDNAの完全な切断」を行うための操作しっかりと行ったはずです。 どなたか「制限酵素によるDNAの完全な切断」の定義をおしえて下さい。 よろしくお願いします。
- ベストアンサー
- 生物学
- 制限酵素によるプラスミドの切断
生物学の実験で、制限酵素によるプラスミドの切断の実験を行いました。制限酵素で二重鎖DNAを切断し、生じたDNA断片をアガロースゲル電気泳動により分離するという方法です。 コントロール・・・・（プラスミド 蒸留水 High Salt Buffer Medium Salt Buffer) サンプル・・・（コントロールにEcoRI HindIIIの制限酵素を加えたもの）の２つをそれぞれをゲルに流し込み。電気泳動を行いました。 電気泳動後、ゲルの写真を見たのですが C ｜ ｜ S ｜｜｜ － →泳動方向→ ＋ というような結果が出ました。 サンプルとコントロールのバンドの距離が同じ長さなので、切断されていないと先生が言いました。ここから質問なのですが、 切断されていないということは、サンプルのレーンのバンドの数は０本ということですか？ また、なぜ切断されなかったのか教えてください（制限酵素によってDNAが切断されたのなら、そのDNAにはその制限酵素の認識配列が含まれいたということですよね。私たちの班のDNAには認識配列が含まれていなかったことになるのでしょうか？）
- 締切済み
- 生物学
- 制限酵素切断地図について
３種類の制限酵素で切断したある未知ＤＮＡを電気泳動させた後、ＤＮＡバンド写真からそのＤＮＡの制限酵素切断地図をどのようにして作ればよいのかわかりません。地図（線）上にどのように切断部位を並べていけばいいのか教えてください。
- ベストアンサー
- 生物学
- 制限酵素の実験について
制限酵素の実験をしました。 酵素はEcoRVです。 目的としては、どのくらいの時間でDNAが切断されるのか、というのを知るためです。 チューブは１～8まであり、 それぞれ７分間隔で反応を止めました。(つまり、tube1は反応開始から７分後、tube2は反応開始から１４分後・・・等） そして、その結果をアガロースゲルにより、電気泳動をしました。 電気泳動の結果は、こうなりました。 tube １ ｜ ２ ｜｜ ３ ｜｜ ４ ｜｜ ５ ｜｜ ６ ｜｜｜ ７ ｜｜｜｜ ８ ｜｜｜｜ （投稿上、縦に書くと線がずれてしまうため、横に書かせていただきました。読みにくいと思いますが、ご了承ください。） なせ、tube3だけ他のチューブように 階段状に結果が出なかったのか、がわからないのです。 わかりにくい説明で大変申し訳ないのですが、 どなたかこの理由がわかる方、 教えてくださいませんか？ お願いします。
- ベストアンサー
- 生物学
- 制限酵素 BamHIについて
最近生化学の実験で制限酵素BamHIを用いて、その性質や働きを電気泳動で調べました。 制限酵素により切られたバンドを確認してみると、一つは1353bp付近に、もう一つは310bp付近に見ることができました。一応実験的には成功なんだと思いますが、後日生化学辞典で調べてみるとBamHIのような6塩基配列を認識するクラスII酵素は、DNAを平均約4000塩基対毎に切断すると書いてありました。 これは実験結果とはだいぶかけ離れているのですが、BamHIが例外的にこのような性質を示すのでしょうか？ 宜しくお願いしますm(__)m
- 締切済み
- 化学
- PCR産物4の制限酵素処理について
ヒトの細胞からゲノムDNAを抽出し、PCRにて増やしたDNAを制限酵素処理しているのですが、上手くいきません。どなたかご指摘の方お願いします。 制限酵素名：KpnI 10×L buffer 1μL PCR産物（フェノクロ処理、エタ沈、真空乾燥し滅菌水に溶かしたもの) 8μL KpnI 1μL 反応時間：1時間 これで行っているのですが全く切れません。試しに一日置いたのですが、全く一緒でした。 ちなみにKpnIは別の人が、プラスミドを切るのに使って、成功したので、失活はないと考えられます。 また、PCR産物も確認したところ目的とするものでしたので、PCRは成功してます。
- 締切済み
- 生物学
- 制限酵素地図の作製について
初質問です。よろしくお願いします。 プラスミドＤＮＡを５種類の制限酵素で切断し、電気泳動させて、制限酵素地図を作ろうと思ったのですが、 計算してもＤＮＡサイズの合計が全然違います。 （例えば、Hind3で切ったときは、7.6、5.8、0.5(×10^3)、Hind3+BamHIで切ったときは、5.8、3.6、1.1、0.46(×10^3)という具合です。） この場合はどのように処理すればよいのか教えてください。
- ベストアンサー
- 生物学
- 今度は・・制限酵素の失活についてなんですが。。。
毎回毎回すみません・・また実験がうまくいきませんでした・・・ プラスミドＤＮＡをEcoRI,BamHIの二種類の制限酵素を使用し、どのように切断されるかをアガロース電気泳動を行って、バンドの移動度を比べてみました。 １つは、EcoRIだけで切断し、もう１つは二種類の酵素で切断しました。 でも電気泳動ででたバンドはネガコンとして流した未処理プラスミドＤＮＡと同じバンドでした。通常移動度が遅くなったり、バンドが２本でるはずなのですが・・まったくありませんでした・・・ 制限酵素が失活して、切断できなかったのではないかと考察したのですが・・・酵素は熱を加えると失活してしまうため温めないように注意したのですが・・ 制限酵素が失活してしまう要因をどうか教えてください。実験で注意すべき点など教えていただければ今後の実験に役立ちます。ぜひ実験をして経験された事でもよいので教えてください。いつもいつも実験の失敗についてばかり質問してしまってすみません・・・ よろしくお願いします。
- ベストアンサー
- 生物学
- 制限酵素のバッファーについて
制限酵素でPCRしたDNA配列をinsertとしてvectorに入れようとおもっています。 その際に2種類の制限酵素で切断しようと思っています。組み合わせはSapIとHindIII、SalIとHindIIIです。これらで同時に切断したいので、これらに適したBufferを教えて頂けると幸いです。 また、制限酵素二つで切断する際のバッファーの選び方があれば教えて頂きたく思います。 よろしくお願いいたします。
- 締切済み
- 生物学